Francesco prese parte alla guerra dei trent'anni, alleandosi a più riprese con la Spagna e con la Francia (tramite il cardinale Mazarino, di cui fu amico). In realtà desiderava ardentemente riconquistare Ferrara, impresa che non gli riuscì, dal momento che nessuno gli venne mai in aiuto.
Uomo pieno di qualità, oltre che di bell'aspetto, viene descritto come un grande condottiero, un principe caritatevole, un uomo devoto. Fu lui a far costruire il palazzo Ducale di Modena, che oggi ospita la prestigiosa Accademia Militare:
Bernini : busto di Francesco I d'Este
Maria Caterina Farnese (1615-1646), la prima moglieFiglia di Ranuccio I Farnese, duca di Parma e di Margherita degli Aldobrandini da Firenze
Di lei c'è anche questo ritratto, un pò inquietante, di gerolamo Forabosco:
Nonostante il marito fosse spesso lontano, impegnato in guerre, politica ed alleanze, Maria diede alla luce nove figli. Partorendo l'ultimo di questi bambini, Maria morì.
Vittoria Farnese (1618-1649)Sorella di Maria, Vittoria spesso andava a farle visita per distrarla dai lunghi periodi di assenza del marito. Una volta morta Maria, le sue visite furono rivolte ai sei nipotini rimasti senza madre. Forse fu perchè assomigliava alla defunta moglie, o piuttosto perchè fu intenerito nel vedere con quanto amore Vittoria si prodigava per i nipoti, fatto sta che Francesco chiese la dispensa papale per poter sposare Vittoria Farnese.
Il loro matrimonio durò solamente diciotto mesi, perchè Vttoria morì allo stesso modo della sorella Maria.